На азербайджанском Windows старая таблица текста часто 1254. Это турецкая таблица. В ней есть ü, ö, ş, ğ, ç и ı. Буквы ə нет. Encoding.GetEncoding(1254) не может её сохранить и ставит ?.
Сделай файл и консоль UTF-8. Не пиши 1254.