Это не порча. json.dumps по умолчанию пишет букву ə как \u0259. Это код той же буквы. Когда программа читает файл, она снова получает ə.
Если хочешь видеть букву в файле, напиши ensure_ascii=False и сохрани файл как utf-8. Не пиши cp1254. В той таблице нет ə.
Не меняй всё сразу.