Квадрат значит, что в шрифте нет ə или PDF не встроил шрифт. Читалка не находит букву и ставит пустую коробку.
Helvetica, многие старые PDF-шрифты и декоративные шрифты не содержат ə. Arial, Calibri, Times New Roman и Noto Sans содержат.
Если квадрат уже внутри PDF, другая читалка его не исправит. Смени шрифт и запиши файл заново.